اسکن استخوان می تواند در مراکز درمانی سرپایی یا در حین بستری در بیمارستان انجام شود. فرایند ها بسته به شرایط بیمار و مهارت پزشک متغییر هستند. به طور کلی، اسکن استخوان شامل فرایند زیر است:

ابتدا از بیمار خواسته می شود تا هر گونه جواهرات، لباس و موارد دیگر را از خود جدا کند. سپس یک لباس مخصوص به نام گان به او داده شده و یک مسیر وریدی جهت تزریق ماده حاجب (رنگ مخصوص) از ورید دست یا بازوی بیمار گرفته می شود.

پس از تزریق ۱ الی ۳ ساعت صبر می شود تا ماده حاجب در بافت استخوانی متمرکز شود. در این مدت بیمار می تواند راه رفته یا حتی از مرکز درمانی خارج شود. فرد دریافت کننده این ماده برای دیگران ایجاد خطر نکرده و پرتو های تابش شده کمتر از یک آزمایش تصویر برداری اشعه ایکس خواهند بود.

در طول مدت انتظار، ۴ تا ۶ لیوان آب به بیمار داده می شود تا ماده حاجب باقی مانده در خون از طریق ادرار دفع شود. در صورتی که اسکن استخوان جهت شناسایی عفونت استخوانی انجام شود امکان دارد پس از تزریق دارو بلافاصله مجموعه ای از آزمایش های دیگر نیز انجام شوند. این آزمایش ها پس از متمرکز شدن دارو در بافت استخوانی انجام خواهند شد.

پس از جای گیری دارو در بافت استخوانی از بیمار خواسته می شود تا قبل از تصویر برداری مثانه خود را خالی کند. داشتن مثانه پر می تواند بر استخوان های لگن فشار وارد کرده و فرد تحمل پری مثانه را در مدت یک ساعته آزمایش نداشته باشد. از آن جایی که هر گونه تحرک می تواند کیفیت تصاویر را تحت تاثیر قرار دهد، فرد باید کاملا صاف و بی حرکت بر روی تخت آزمایش دراز بکشد.

دستگاه چندین بار به آرامی در بالای بدن بیمار حرکت کرده و اشعه گامای تابانده شده از بافت استخوانی را دریافت می کند. امکان دارد جهت دریافت تصاویری چند وجهی تغییر موقعیت بدنی بیمار درخواست شود. پس از تکمیل فرایند مسیر وریدی از دست بیمار خارج خواهد شد.